Biblioteca
Esta sala, além do auditório para 35 pessoas, podemos encontrar o livro mais antigo do museu, datado de 1623, com o título “Tratado de pureza de sangue”, que pode ser considerado como um manual da inquisição.
Há também alguns rolos dos processos da inquisição extraídos da Torre do Tombo, em Lisboa, que hoje pertence à universidade de Lisboa. Estes rolos são processos referentes àqueles que foram inquiridos e investigados pelo Tribunal do Santo Ofício.
Na sala estão expostos alguns documentos importantes como os assinados por reis portugueses, como o Rei Dom Sebastião, o Rei Dom Felipe II e o Rei Dom José. Estes documentos mencionam a existência dos cristãos-novos, judeus obrigados à conversão ao catolicismo.